Maldivler‘de kara üzerinde, biyolojik çeşitlilik açısından sınırlı yaban hayatı ve bitki örtüsü vardır. Ancak bu durum, Maldivler’de denizlerdeki bitki ve hayvan varlığı zenginliğinin gölgesinde kalmıştır. Dahası, Haziran 2011 ‘de, Maldivler’in Baa Mercan Adası bir UNESCO Dünya Biyosler Rezervi olarak ilan edildi. Maldivler, mercan kayalığı balıklarından Manta vatozuna, Müren balığından mercan köpekbalığına ve hatta balina köpekbalığına kadar 2.000’in üzerinde balık çeşidine barındırmaktadır. Bu deniz ekolojik sistemleri bir yandan son derece canlı öte yandan da hassastır. Bu hassasiyetleri, 1998 yılında, tüm ülkede meydana gelen EI Nino’nun (yüzey sularındaki olağandışı ısınma) etkisiyle mercanların renklerinin açılmasıyla kendini belli etmiştir. Bunun yanı sıra küresel ısınma ve aşırı boyutlara varan kirlilik, Maldivler’ in doğal çevresi için tehdit oluşturmaktadır.